Towarzystwo Naukowe Organizacji i Kierownictwa zostało założone 20 kwietnia 1925 roku jako Instytut Naukowej Organizacji i było jedną z pierwszych tego typu organizacji na świecie. Założyciel Towarzystwa i jego pierwszy prezes w latach 1925-1933, profesor Karol Adamiecki, był pionierem teorii organizacji, twórcą teorii harmonii, a także, obok Herberta Hoovera i Tomasa Masaryka, założycielem Światowej Rady Zarządzania (World Management Council - CIOS). Działalność statutowa Instytutu obejmowała działalność popularyzacyjną, szkoleniową, naukowo-badawczą oraz wydawniczą.

Od 1 czerwca 1933 roku organizacja funkcjonuje jako Instytut Naukowy Organizacji i Kierownictwa, zyskując samodzielność i własną osobowość prawną. W tym kształcie funkcjonuje do wybuchu II wojny światowej we wrześniu 1939 roku.

Działalność Instytutu wznowiono już w pierwszym kwartale 1945 roku i kontynuowano ją pod przedwojenną nazwą do 3 września 1948 roku - wówczas zatwierdzono nowy statut, zmieniający m. in. nazwę stowarzyszenia na Towarzystwo Naukowe Organizacji i Kierownictwa. Nieco ponad rok później, 4 grudnia 1949 roku, w wyniku nacisku władz państwowych Nadzwyczajne Walne Zgromadzenie TNOiK podjęło uchwałę o zawieszeniu działalności Towarzystwa. Wznowiono je po siedmioletniej przerwie, w 1957 roku - zakres jego aktywności poszerzono o działalność gospodarczą w postaci produkcji i rozpowszechniania urządzeń biurowych.

W 1968 roku dokonano istotnych zmian w statucie, związanych m. in. ze zmianą zasad rekrutacji członków oraz utworzeniem nowych organów władz, co w istotny sposób wpłynęło na otwartość stowarzyszenia. Ożywiono również działalność szkoleniową, a w drugiej połowie lat siedemdziesiątych położono nacisk na ilościowy rozwój Towarzystwa, co zmieniło dotychczasowy jego charakter. Od 1981 roku Towarzystwo włączyło się aktywnie w reformowanie gospodarki i państwa, podejmując na nowo aktywność w zakresie doradztwa organizacyjnego.

Dziś Towarzystwo posiada 15 oddziałów w całej Polsce. Prezesem Zarządu Głównego TNOiK jest prof. dr hab. Leszek Kiełtyka.